給与所得者の住民税は、地方税法により、所得税を源泉徴収している事業主については、従業員の個人住民税を特別徴収しなければならないことになっています。

個人住民税はその年1月1日に住所がある市区町村が前年の所得を基に賦課決定します。そして、住民税特別徴収税額は、５月頃自治体から通知があり、６月から翌年５月にわたって１年間で控除・納付されます。

前年の年末調整の際に控除漏れとなっていた証明書が後日発見されたなどの理由で前年の所得金額に変動が出る場合は、個人の確定申告により修正します。

前年分が年末調整だけで課税関係が精算されていた場合は、期限後での確定申告書の提出となります。

医療費控除やふるさと納税があったため自身で確定申告を提出していた場合には、所得税の更正の請求をすることになります。所得税の申告書か更正の請求書を所轄税務署に提出し、それが住民税を課する自治体に回付され、後日、住民税特別徴収税額の減額が行われます。所得税分の減額は税務署から個人に直接還付されますが、住民税の特別徴収額の変動は、特別徴収義務者である会社と納税義務者である本人に変更通知書が通知され、実際の納税は特別徴収義務者である事業主でその月以降の特別徴収額の変更として扱われます。

ワンストップ特例制度は、確定申告なしで住民税を扱う自治体が寄付金控除を適用してくれる、便利な仕組みです。しかしながら、本稿のような場合は注意が必要です。

ある会社の従業員に年末調整控除漏れが見つかり、その対応を行うことになりました。確定申告書を作成した税理士は、医療費控除やふるさと納税のために自身で確定申告したかどうか確認の上、していないということで期限後申告書を提出しました。

しばらくして、特別徴収税額増額の変更通知書が届きました。ワンストップ特例の適用がなくなった故のまさかの増額でした。

この件は、再度所得税の申告にふるさと納税の寄付金控除を織り込む更正の請求書を提出することで、最終的には解決を図れました。