所得税では非課税となります！
奨学金返還者にとって、企業が直接、日本学生支援機構へ送金することで自身の通常の給与と返還額が区分され、かつ、奨学金の返還であることが明確となるため、その返還額に係る所得税は非課税となります。

※返還者が役員である場合など一定の場合には、所得税の課税対象となることがあります。
国税庁ＨＰの質疑応答事例（所得税）にも【奨学金の返済に充てるための給付は「学資に充てるため給付される金品」に該当するか】との点で非課税と取り扱って差し支えない旨が記載されております。

法人税では給与として損金算入できるほか、「賃上げ促進税制」の対象になります！
企業にとっては、代理返還は使用人の奨学金の返済に充てるための給付になるため、給与として損金算入されます。したがって、「賃上げ促進税制」の対象となる給与等支給額にも該当するため、他の要件も満たしている場合には、法人税の税額控除の適用を受けることが可能となります。

上記に記載させていただいたのは税金部分となりますが、それ以外のメリットとしては以下があげられます。

社会保険料では、原則として標準報酬月額の算定のもととなる報酬には含まれません。
※ただし、給与規定等により給与に代えて奨学金返還を行う場合には、報酬に含まれます。

奨学金返還支援（代理返還）制度を導入していていることで、福利厚生の会社のＰＲ要素としてアピールできます。
導入企業は掲載依頼すれば、日本学生支援機構のＨＰで社名や支援目的を掲載することができますのでより人材の獲得に貢献できる可能性が広がります。
また、奨学金返済を行っている従業員の経済的および心理的負担を軽減できるため、仕事に打ち込めるようになるなどの意欲向上や、定着率の増加が期待できます。

ご案内させていただいた奨学金返還支援（代理返還）制度については、メリットもある一方、企業の負担は増えることになるかもしれませんが、人材獲得がとても厳しい昨今、このような施策を取り入れることを検討することも一つかと思います。
少しでも人材獲得等に繋がれば幸いです。