工場跡地でマンションや商業施設などを開発するとき、特定有害物質による土壌汚染が見つかることがあります。土壌汚染は人の健康を害するため、土地所有者等は土壌汚染対策法により、汚染状況について専門機関による調査を行い、都道府県知事に結果報告が求められます。基準に適合しない場合は区域の指定を受け、汚染土壌の除去や封じ込め等の措置が求められます。

土壌汚染対策法は平成14年に制定され、国税庁は、平成16年7月、汚染された土地の評価について原価方式を基本とする資産課税の取扱いを公表しました（16年情報）。

その後、国税不服審判所の裁決事例が積み重ねられ、国税庁は令和6年7月、土壌汚染のある土地の評価について原価方式を踏襲しつつ、あらためて資産課税の取扱いを整理し、公表しました。
新たな取扱いでは、特定有害物質による汚染状態が環境省令で定める基準に適合しないことが明らかな土地は、土壌汚染の調査・対策の義務付けの有無にかかわらず、土壌汚染地に該当することが明記されています。

原価方式は、不動産鑑定評価で採用される評価法です。「減価のない土地の評価額」から「浄化・改善に要する費用」「使用収益の制限を受けることによる減価相当額」「心理的要因による減価相当額」を控除します。

浄化・改善費用は、汚染がない土地の相続評価額が地価公示価格水準の8割程度とされるため、同様に見積額の80％相当額で評価します。使用収益の制限とは、封じ込め措置をとる場合、地中に特定有害物質が残留して土地の利用制限を受けることによるものです。心理的要因による減価とは、土壌汚染があることによる嫌悪感から生じるもの（スティグマ）をいいます。

浄化・改善費用について見積額が確定しているときは、浄化・改善措置の実施が確実であることから「確実と認められる債務」として評価額から控除します。また、都道府県から助成金が交付される場合は、債務額から助成金の額を控除します。

土地所有者等は土壌汚染の原因者に除去に要した費用を求償できます。求償権も相続財産として計上します。また、回収が困難であるときは、財産評価基本通達に則して貸付金債権の評価を行います。