土地区画整理事業の清算金は、換地の際に生じる権利の不均衡を調整するために徴収又は交付されます。換地の権利価額が従前地の権利価額より減じる場合には、換地処分の公告日の翌日に清算金が確定し、土地所有者に交付されます。清算金は土地に付与される清算指数に指数1個あたりの単価を乗じて算定します。

仮換地の所有者に相続が発生した場合、課税時期に清算金の交付を受けることが確定している場合は、仮換地の評価額に清算金の価額を加算します。

また、課税時期が換地処分の公告前であっても清算金の交付額が分かる場合は、仮換地の評価額に清算金の交付額を加算します。清算指数や単価を土地区画整理事業の施行者に問い合わせて確認します。

換地処分により換地とあわせて清算金の交付を受けた場合、換地を交付された部分については土地の譲渡はなかったものとみなされ、譲渡所得税は課税されません。

交付された清算金については、換地処分の公告のあった日の翌日に土地の譲渡があったものとして譲渡所得税が課税されます。この場合、清算金で代替資産を取得すれば、収用等の課税の特例が適用され、代替資産の取得に充てられた部分の清算金について課税の繰り延べ、または納税者の選択により、譲渡所得金額から5000万円の特別控除を受けることができます。

例えば、清算金1000万円（Ａ)、譲渡資産の取得費200万円（Ｂ）、換地取得資産の価額3000万円（Ｃ）、譲渡費用ゼロとすると、換地の交付部分には課税されず、清算金の交付に課税されますが、5000万円の特別控除を選択すれば譲渡所得金額はゼロとなり、課税されません。

仮換地を売却すると、清算金は換地処分の公告日の翌日に土地所有者である買主に交付されます。清算金の交付請求権を売主に留保したいときは、売買契約にその旨の特約を付し、売買代金は換地部分の価額とし、当該請求権は買主から施行者に債権譲渡通知書を提出することもできます。