相続で取得した財産について相続税が課された後、同じ財産に所得税が課されると二重課税となって所得税の非課税規定が適用される場合があります。

相続税と所得税の二重課税を認めたのが平成22年の長崎年金訴訟です。最高裁では相続で取得した定期金給付契約により将来にわたり受け取る保険金の現在価値に課された相続税と、取得した保険金の元本部分に課された所得税が二重課税になるとした上で所得税の非課税規定が適用されました。

所得税が課税される根拠は、包括的所得概念と呼ばれるものです。
金子宏教授「租税法」によれば、包括的所得概念とは、人の担税力を増加させる経済的利得が、すべて所得を構成すると考えます。一時的・偶発的・恩恵的利得も所得の範囲に含まれ、債務免除益のほか、現物給付、為替差益などの経済的利益にも課税され、不法な手段による利得も納税者が管理支配しており、課税の対象となります。

相続税及び贈与税は相続、贈与、遺贈により取得した財産の経済的価値に担税力を認めて課税されますが、相続財産、贈与財産の経済的価値と同一の経済的価値に対しては所得税を二重に課税しないとするのが所得税の非課税規定の考え方です。

相続で取得した土地を譲渡した場合、相続財産に課された相続税と被相続人の保有期間中に生じた土地の含み益が譲渡により実現して課された譲渡所得税は二重課税となりません。判例では相続により取得した土地と被相続人の土地保有期間中のキャピタルゲインに同一の経済的価値に対する二重課税が行われることを認めていません。

被相続人の借入金について一定金額を期日までに弁済すれば残額を免除するという停止条件付債務を承継した相続人が、相続の後に受けた債務免除益について所得税が課されたため、相続税と所得税の二重課税が争われた裁判があります。

一審は、債務免除を受けた時点が相続開始の後で二重課税ではないとしましたが、控訴審は、債務免除による経済的利益は相続開始の時に実質的に生じており、二重課税になるとして非課税規定の適用を認めました。課税庁は最高裁に上告しています。